Pada jam 5:30 pagi, Suharto bangun dari tidur oleh jirannya dan memberitahu kehilangan jeneral dan bunyi tembakan di rumah masing-masing. Beliau telah pergi ke ibu pejabat KOSTRAD dan cuba menghubungi pegawai-pegawai kanan yang lain. Dia berjaya menghubungi komander Tentera Laut dan Polis, tetapi gagal menghubungi Komander Tentera Udara. Beliau kemudiannya mengambil perintah Tentera Darat dan mengeluarkan perintah agar mengurung semua tentera ke berek.

Akibat perancangan yang buruk, pemimpin-pemimpin rampasan kuasa gagal menghantar tentera ke Lapangan Merdeka yang panas dan dahaga. Mereka beranggapan bahawa mereka menjaga presiden di dalam istana. Sepanjang petang, Suharto memujuk batalion Brawijaya datang segera ke Kostrad. Tentera Diponegoro bergerak Lapangan Terbang Halim. Pada 7:00 Suharto mengawal semua peralata yang sebelum ini dipegang oleh kuasa-kuasa Gerakan 30 September. Pada jam 9.00, Nasution memerintah Tentera Darat dan menghapuskan kuasa-kuasa revolusioner dan mengurung Sukarno. Beliau mengeluarkan kata dua kepada tentera di Lapangan Terbang Halim. Pada petang itu, Sukarno meninggalkan Halim dan tiba di Bogor , di mana terdapat sebuah lagi istana presiden .

Kebanyakan tentera pemberontak melarikan diri, dan selepas pertempuran kecil pada awal pagi 2 Oktober, Angkatan Tentera Indonesia kembali mengawal Lapangan Terbang Halim, Aidit terbang ke Yogyakarta dan Dani pergi ke Kuah sebelum askar tiba.